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南京新中醫(yī)學研究院是由針刀醫(yī)學培訓的開創(chuàng)者王曉智先生創(chuàng)辦。1987年，王曉智先生與其志同道合的好友、小針刀療法的發(fā)明人朱漢章老師在南京舉辦了全國小針刀療法培訓班，由于針刀療法療效突出，迅速在全國范圍內形成燎原之勢，自此，針刀療法乃至后來的針刀醫(yī)學在中醫(yī)甚至整個醫(yī)學領域內異軍突起，同時這種創(chuàng)新精神極大地激發(fā)和促進了其它針法及中醫(yī)特色技術的創(chuàng)新、推廣和發(fā)展，在中醫(yī)行業(yè)內形成了百花齊放、百家爭鳴的局面。南京新中醫(yī)學研究院從事醫(yī)療技術培訓已有36年，被業(yè)內人士稱為針刀醫(yī)學的“黃埔軍?！?，簡稱為“南京新中醫(yī)”。
2007年王自平接任南京新中醫(yī)學研究院院長。 12年來，在向全國推廣的諸多醫(yī)療技術融匯基礎上，王自平院長以中醫(yī)診治理念為引領，融合各種醫(yī)學而重新構建了新的醫(yī)學體系，即新中醫(yī)診療體系。新中醫(yī)診療體系是基于筋膜解剖學對中醫(yī)經絡科學研究指導下，揭示“五體”（皮、肉、筋、骨、脈）組織結構及“臟腑”、“五志”等相互間關系和靈活應用不同方法同時調治同一人體不同疾患的機制，回歸古代中醫(yī)從整體結構、功能同時干預而達到“一人而兼十三科”的診療模式；從方法學上挖掘古代已失傳的中醫(yī)診療技術、現(xiàn)代各種中醫(yī)原創(chuàng)及民間中醫(yī)藥特色技術、現(xiàn)代醫(yī)學診療等方法，遵循古代中醫(yī)“一針、二灸、三用藥”的優(yōu)化診療理念，跨學科、跨領域、融合創(chuàng)新、施行“雜合以治，各得其所宜”新的醫(yī)學診療體系。在技術推廣和人才培養(yǎng)中，提出以道馭術，道法自然的哲學思想；在“新中醫(yī)”醫(yī)、教、研整體戰(zhàn)略規(guī)劃中，確立繼往開來復興中醫(yī)，弘道揚善濟世救人的歷史使命。
“新中醫(yī)”，這三個字承載了三十多年來的奮斗歷程，它不僅指新的醫(yī)療技術、新的治療理念和診療模式，更代表了濟世救人的慈悲之心、不畏艱難的創(chuàng)新精神和復興中醫(yī)的家國情懷。
2016年，經中國中醫(yī)藥研究促進會報請國家民政部、科技部、衛(wèi)生部批準成立了中國中醫(yī)藥研究促進會新中醫(yī)分會，由南京新中醫(yī)學研究院院長王自平擔任會長。
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